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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/10赛季起，外围赛由3轮资格赛和1轮11人足球网附加赛组成。2012/13赛季起

2016年起24支晋级决赛圈的球队将分成6组，小组赛采用单循环得分制，各小组前两名和4个成绩最好小组第三晋级1/8决赛，从1984年开始不设季军赛。淘汰赛（含决赛）均采用单败淘11人足球网汰赛制，对战双方若90分钟内踢平，需进行加时赛（不采用金球制和银球制），若加时赛仍无法分出胜负将通过点球大战决出优胜者。

1999/00赛季——皇家马德里、瓦伦西亚、巴塞罗那（同为西班牙球队，包揽决赛） 2002/03赛季——AC米兰、尤文图斯、国际米兰（同为意大利球队，包揽决赛） 2006/07赛季——利物浦、切尔西、曼联（同为英格兰球队，冠军意大利AC米兰） 2007/08赛季——曼联、切尔西、利物浦（同为英格兰球队，包揽决赛） 2008/09赛季—11人足球网—曼联、切尔西、阿森纳（同为英格兰球队，冠军西班牙巴塞罗那） 历史上欧冠正赛阶段曾经出现过33次同协会球队德比（13次英格兰俱乐部之间，12次西班牙俱乐部之间，4次意大利俱乐部之间，3次德国俱乐部之间，1次法国俱乐部之间）